何川
1Nature:m6A通过YTHDF 1促进海马依赖（lài）性学（xué）习和记忆（yì）
N6-甲基腺苷(m6A)是哺乳动物（wù）信使RNA上最普遍的内（nèi）部RNA修饰，通过（guò）m6A特异性结合蛋白调控修饰转录的目的和功能。在神经系统中，m6A数量丰（fēng）富，功能多样。在之前的研究中人们（men）得知，m6A标记不同生理过（guò）程（chéng）中协（xié）调降（jiàng）解的mRNAs组，但是，在体内m 6A和mRNA翻（fān）译的相关性仍然是未知的（de）。
本文中，研究人员发现，通（tōng）过结合蛋（dàn）白YTHDF 1，m6A促进成年小鼠海马体神经元刺激反应的（de）转录的蛋白翻译，从（cóng）而促进学习和记（jì）忆。敲除Ythdf 1基因的（de）小鼠显示学习和（hé）记忆（yì）缺陷以及海马突触传递受损。YTHDF 1在成年（nián）Ythdf 1-敲除小鼠（shǔ）海马体中的再（zài）表达，可以修复行为和突触缺陷，而海马体（tǐ）上（shàng）特异性精确敲除Ythdf 1或METTL 3（其编码了m6A甲基（jī）转移酶（méi）复合物中的催化组分（fèn））则重现（xiàn）为海（hǎi）马（mǎ）体缺乏（fá）症。海（hǎi）马体上mRNAs的YTHDF 1结（jié）合位点和m6A 结合位点确定了关键的神（shén）经元基因。新生蛋（dàn）白标记和海（hǎi）马体神（shén）经元系绳报告试（shì）验表明，YTHDF 1以神经（jīng）元（yuán）刺激依赖的方（fāng）式促（cù）进蛋白（bái）质合成（chéng）。总之，YTHDF 1有助于翻（fān）译（yì）m6A-甲基化神经元（yuán）mRNAs对神（shén）经元刺（cì）激的反应，这一过程有助于学（xué）习和记忆。
高表达YTHDF1(AAV-YTHDF 1)和（hé）对照(AAV-对照（zhào）)的AAV结构示意图。
研究证明，YTHDF 1的缺失损害（hài）了海马体突触（chù）的基础传（chuán）递和LTP。YTHDF 1的存在（zài）可以加速新的（de）蛋白质（zhì）合成，这是突触可塑（sù）性和记忆形成的长期变化所必需的（de）；Ythdf 1-KO小鼠，刺（cì）激依赖（lài）的蛋（dàn）白质合成减弱，导致突触强化（huà）效率较低，达到（dào）记忆形成阈值的可能性较低。m6A对翻译的促进作用可能是（shì）通过刺激诱导，如文中（zhōng）对YTHDF 1的（de）作用，这可（kě）能代表RNA甲（jiǎ）基化（huà）依赖的（de）翻（fān）译（yì）调（diào）节的（de）一个（gè）重要方（fāng）面（miàn）。
原文链接：
https://www.nature.com/articles/s41586-018-0666-1
2Cell Research:A dynamic N6-methyladenosinemethylome regulates intrinsic and acquired resistance to tyrosine kinaseinhibitors
白血病是（shì）一种侵袭性恶（è）性（xìng）肿（zhǒng）瘤（liú），通常与（yǔ）激活受体酪氨酸（suān）激酶（RTKs）突变有关，包（bāo）括BCR / ABL，KIT和FLT3等（děng）。许多针对这些突变的酪氨酸激酶抑制剂（jì）（TKIs）已进入（rù）临床，但迅速（sù）获（huò）得对TKIs的抵（dǐ）抗是成功治疗（liáo）白血病（bìng）的主要障碍。最常被引用的机制是获（huò）得性药物抗性突变（biàn），其（qí）损害药（yào）物结合或绕过抑（yì）制的RTK信号（hào）传导。然而（ér），这不足以揭示药物暴露后TKI耐药（yào）性的出现相对迅速（sù）的情况。在“药（yào）物假期”之（zhī）后（hòu），抗性表型（xíng）是可（kě）逆的。许（xǔ）多具（jù）有抗（kàng）性的（de）患者也仅表达（dá）天然（rán）激酶（例如，BCR / ABL）或已经激活平行途径，涉及癌基因的（de）过度简化（例如，BCL-2，BCL-6，AXL和MET）。
事实（shí）上，最近（jìn）的（de）研究（jiū）结（jié）果已经（jīng）将获得性TKI耐药性与肿瘤内的细胞（bāo）异质性和表观（guān）基因组构型的动态变异（yì）联系起来。据推测，异质性肿瘤细（xì）胞群中不同（tóng）的表观遗传（chuán）模式可以在细（xì）胞（bāo）命（mìng）运决定基因的表达中产生多样（yàng）性。通过（guò）药物选择可以迅速（sù）发（fā）展。然而，TKI抗性中关键表观遗传（chuán）事件的描（miáo）述远未完（wán）成。
N6-甲基腺（xiàn）苷（m6A）是哺乳动物mRNA最常（cháng）见的上皮转录组（zǔ）修饰.14,15,16它由甲基转移酶复（fù）合物（如METTL3-METTL14）安装，可被去甲基化酶清（qīng）除（如FTO和ALKBH5）。虽然任（rèn）何特定m6A残基的（de）确切作用尚不清楚，但21个丰富的证据支（zhī）持m6A甲基化，一般来说，严（yán）格调节mRNA稳定（dìng）性，剪（jiǎn）接和/或（huò）蛋（dàn）白质翻（fān）译，从而影响基因表达。一致地，沉默m6A甲基转移酶（méi）（例如，IME4，METTL3的酵母（mǔ）直向同源（yuán）物（wù））或FTO的（de）敲低改（gǎi）变m6A丰度，重新（xīn）建模（mó）基因表达（dá）谱和/或（huò）转录物的（de）可变（biàn）剪（jiǎn）接模式。
尽管最近关于角色的工作（zuò）m6A在（zài）各（gè）种生物学过（guò）程中（zhōng）的作用（yòng），m6A甲基化是否以及如何调节（jiē）TKI选择下（xià）的细胞命运决（jué）定仍（réng）然（rán）未知。我们假设，暴露于TKI后，m6A甲（jiǎ）基化的（de）可逆性质使得携（xié）带（dài）m6A位点的一组增殖/抗（kàng）凋（diāo）亡（wáng）癌基（jī）因上调（diào），从而帮助细胞（bāo）亚群（qún）逃避TKI介导的（de）杀（shā）伤（shāng）。为了测试这一点，我们模拟并表征（zhēng）了不（bú）同白血病（bìng）模型（xíng）中的TKI抗性，并直接在白血病（bìng）细胞的转录组中定位（wèi）m6A。我们的（de）研究结果表明，内在（zài）和（hé）诱导型FTO-m6A轴作为表征白血病细胞异质性的（de）新标记，以及（jí）白（bái）血病（bìng）细胞产（chǎn）生TKI抗性表型的广泛防御机制。我们的发现确定了（le）针对（duì）FTO-m6A轴预防/根除获（huò）得（dé）性（xìng）TKI耐药性的可行性。
研究人员的研究结果显（xiǎn）示在酪氨酸激酶抑（yì）制剂（TKI）治疗期（qī）间开发抗性表型取决于（yú）白血（xuè）病细胞（bāo）中FTO过表达导致（zhì）的（de）m6A减少。这种失调的FTO-m6A轴预先存在于幼稚细胞群中，这些细胞（bāo）群具有遗传同质性，并且响应（yīng）TKI处理是可诱（yòu）导/可逆的。具有（yǒu）mRNAm6A低甲基化和（hé）FTO上调的细胞在小鼠中表现出更高的TKI耐受（shòu）性和更高的生长速率。通过FTO失（shī）活的m6A甲基（jī）化的遗传或药理学恢（huī）复使得对TKI敏感的抗性细胞。
从（cóng）机制上讲，FTO依赖性m6A去甲基化增（zēng）强了携（xié）带m6A的增殖/存活（huó）转录物的mRNA稳定（dìng）性，并随（suí）后导致蛋白质合成增加（jiā）。我们的研究结果确定了（le）m6A甲基化（huà）在调节细胞（bāo）命（mìng）运决定中的新功（gōng）能，并证明动态（tài）m6A甲基化（huà）组（zǔ）是可逆TKI耐受状（zhuàng）态的额外表观遗传驱（qū）动因（yīn）子，为癌症（zhèng）中的（de）耐药性提供（gòng）了机制典（diǎn）型范例。
3Cell:m6A可（kě）以控（kòng）制（zhì）哺乳动物的（de）皮质（zhì）神经元的发生（shēng）
由Mett13 / Mett14甲基转移酶复合（hé）物（wù）催（cuī）化产生（shēng）的N6-甲基腺苷（gān）（m6A）是最（zuì）普遍的mRNA内部修（xiū）饰。 m6A是否调节哺乳动（dòng）物（wù）的大脑发育（yù）是未知的（de）。在这里，我们显示胚（pēi）胎小鼠脑（nǎo）中Mettl14敲除下，m6A缺失（shī），延长了（le）神经胶质细胞的细胞周期，并（bìng）将皮（pí）质神经发生延伸到出生后（hòu）阶段；通过Mettl3敲除（chú），也得到了类似（sì）的现象。胚胎（tāi）小鼠皮层的m6A测序显示，m6A主要富（fù）集在转录因子（zǐ），神经发（fā）生，细胞周期和神（shén）经元分化的mRNA中，m6A标记促（cù）进其衰老。进一步的分析发现皮质神经干细胞中以前未（wèi）被认可的转（zhuǎn）录（lù）模式中，m6A信号也调节前脑组织中的人皮质神经发生。小鼠与人（rén）类（lèi）皮质（zhì）神经发生之间（jiān）的m6A-mRNA全基因组的（de）比（bǐ）较，揭示了人特异性（xìng）m6A标记的转（zhuǎn）录本与脑障碍风险基（jī）因相（xiàng）关。
亮点
m 6 A缺失，导致皮质神经原始细（xì）胞的细（xì）胞（bāo）周期延长；
经过比较小鼠及人（rén）类的m 6 A图谱，呈（chéng）现出（chū）保守及独特性；
m 6 A促进标记的神经发生相关的转录本被延迟（chí）降解；
转（zhuǎn）录（lù）本的提前（qián）印记对于神经（jīng）元的发生是必需的（de）。
4Molecular Cell :FTO在细胞核和细胞质（zhì）中介导的差异m6A，m6Am和（hé）m1A去甲基化（huà）
已经（jīng）提出脂肪量和肥胖（pàng）相关蛋（dàn）白（bái）（FTO）通过全基因组关（guān）联研究（GWAS）与人类肥胖相关联。已显示FTO的遗传变异与食物摄入（rù）增（zēng）加有关，而FTO中的功能丧（sàng）失突变导致严重（chóng）的生长迟缓和（hé）CNS缺陷。
由于这些有趣的表型，已（yǐ）经广泛致力（lì）于鉴定底（dǐ）物和理解FTO的生物学功能。FTO被（bèi）鉴（jiàn）定为第一种RNA去甲基化（huà）酶，其在体外和细胞中催（cuī）化mRNA中N6-甲基腺苷（m6A）甲基化的（de）逆转。 m6A是哺（bǔ）乳（rǔ）动（dòng）物mRNA中最丰（fēng）富的内部（bù）修饰。已知（zhī）m6Am的m6A部分是FTO的体外底物，最（zuì）近的研究（jiū）表（biǎo）明m6Am通过阻止DCP2介导（dǎo）的脱帽和microRNA介导的（de）mRNA降解来（lái）稳定（dìng）mRNA。然（rán）而，FTO去（qù）除m6Am的功（gōng）能相关性尚（shàng）未得（dé）到充分探索。
在（zài）该项研究组中，何川研究组证实（shí）FTO可以从纯化的多腺苷（gān）酸（suān）化RNA中有效（xiào）地去甲基化m6A和m6Am。何川（chuān）研究组发（fā）现（xiàn）细胞核和细（xì）胞质中的FTO定位在（zài）细胞类型之间变化，并且FTO在（zài）细胞核和细胞（bāo）质中具有（yǒu）不同（tóng）的底物库。何（hé）川研（yán）究组进一步鉴定了FTO的其（qí）他RNA底物，包括tRNA中的N1-甲基腺苷（gān）（m1A），U6 RNA中的m6A，以及小核RNA（snRNA）中的内部和（hé）帽m6Am。该研究提（tí）供（gòng）了迄今为止FTO介导的（de）RNA去甲基化（huà）的最全面的（de）景观。它揭示（shì）了由FTO介导的核（hé）与（yǔ）细胞质去甲基化所赋予的先前未被认可的空间（jiān）调（diào）节，其对（duì）靶RNA发（fā）挥不同的作（zuò）用（yòng）。
5Nature cell biology:m6A mRNA甲基化是（shì）子宫内膜癌的致（zhì）癌机（jī）制
N6-甲基腺苷（m6A）是人类（lèi）最普（pǔ）遍的信使RNA修饰（shì）形式（shì）。这（zhè）种修（xiū）改（gǎi）是可逆的，其生物学效应主要是（shì）通过“写（xiě）入”、“橡皮”和“读取”蛋白来（lái）介导的。所谓的“写（xiě）入”复（fù）合物，核心部分为METTL3–METTL14 m6A甲基转移酶，还包括其他调（diào）控因子亚单元，作用是（shì）催化m6mRNA甲基化。至少有两种橡皮（pí）擦酶FTO和ALKBH 5介导了甲（jiǎ）基化的逆反应。m6甲（jiǎ）基化的（de）转录被读取器蛋白质锁（suǒ）识（shí）别（bié），该蛋白可（kě）以调节mRNA前处理、翻译和退化。在哺乳动物中，m6A依赖的mRNA调节是必（bì）不可（kě）少的。m6A甲基化的（de）缺陷影响很多的生物过（guò）程。特别的是，m6A mRNA甲基化通过影响细胞（bāo）分化过程中mRNA的转换而调节（jiē）干（gàn）细胞的自我更新和分（fèn）化，并在胚（pēi）胎发育过程中对转录组的转换（huàn）起重要作用。与（yǔ）这（zhè）些作用一致，m6A mRNA甲基化是一种影响多种癌症发（fā）生和发展的途径。
m6mRNA甲基化对干细胞（bāo）和癌细胞生长和增殖（zhí）有着重要影响。不过，m6A甲（jiǎ）基化（huà）如何影响细胞生长，哪些基础途径和机制介导这些变化仍（réng）未完全阐明。本（běn）文研究（jiū）子宫内（nèi）膜癌中的这个问题，其中测序研究发现了m6A甲基转移酶亚基METTL 14的频繁突变。研究人员（yuán）发现与对应的正常子宫内膜相比，约有70%的子宫内膜（mó）肿瘤细胞中m6A甲基（jī）化（huà）有（yǒu）减少的趋势。这些减少的m6A甲（jiǎ）基化可能是由METTL 14的突变或降低METTL 3甲基转移酶的（de）表达。通过（guò）METTL 14突变或METTL 3下调，降低（dī）m6A mRNA在子宫内膜癌细胞中的水平，可促进体外（wài）和活体细胞增殖和致瘤性。子（zǐ）宫内膜癌患者肿瘤和细胞系（xì）的（de）m6A -seq特征显示m6A mRNA甲基（jī）化可以通过改变影响AKT信号通（tōng）路的关键酶的表（biǎo）达来促（cù）进细（xì）胞增殖。抑制AKT活（huó）化可以逆转m6A甲（jiǎ）基（jī）化减少引（yǐn）起的增殖增（zēng）加。这（zhè）些结（jié）果共同表明了m6A mRNA甲基（jī）化为子宫内膜癌的致癌机制，m6A甲基化（huà）可以（yǐ）作为AKT信号调节因子。
正常（cháng）子宫内膜（mó）（左）和子宫内膜癌（右（yòu））
这些发现（xiàn）可能适（shì）用于子宫内（nèi）膜癌以外由AKT信号增强所导（dǎo）致的其他癌（ái）症。其他（tā）类（lèi）型可以通过AKT激活的（de）肿瘤可以利用异常的（de）RNA甲基化来获得生（shēng）存和（hé）生长优势。事（shì）实（shí）上，也有其他研究（jiū）观察到干（gàn）细胞和癌细胞的增殖随着m6A甲（jiǎ）基化的减少而增加。当这篇论文（wén）被审查时，据报道，m6A甲基化（huà）会（huì）影响AML中AKT的活性，以及（jí）肾（shèn）细（xì）胞癌30T细胞分化。虽然本（běn）文的（de）结果表明m6A甲基（jī）化促进子宫内膜（mó）肿瘤发生，其他癌症也与METTL 3高表达和m6A甲基化增加有关，也可能涉（shè）及不同的机制（zhì）。然而，我们的结（jié）果表明，通过m6A甲基化（huà）调节AKT的活性（xìng），可能是一种影响（xiǎng）一系（xì）列其他生物（wù）过程的一（yī）般（bān）生长控制机制，这将（jiāng）是未来（lái）探索的（de）一（yī）个新方向（xiàng）。
6Molecular Cell:Zc3h13调节核RNA m6A甲基化和（hé）小鼠胚胎干（gàn）细（xì）胞自我更新
基因表达调控是生命活动的核心事件之（zhī）一。RNA化学修饰（shì）是（shì）基（jī）因表达调控的重要手（shǒu）段。RNA m6A修饰广泛存在于病毒（dú）、细菌、单细胞（bāo）生（shēng）物和酵母等多个（gè）物种中（zhōng），是真核（hé）生物mRNA上发生最为广泛的内（nèi）部化学修（xiū）饰。
Zc3h13与WTAP，Virilizer和Hakai互作
RNA m6A修饰参与调节mRNA稳定（dìng）性、剪接加工、转运以（yǐ）及翻（fān）译等（děng）一（yī）系（xì）列mRNA加工代（dài）谢过程，对mRNA的命运决定发挥（huī）重要（yào）作（zuò）用。越来越多的科学（xué）证据显（xiǎn）示（shì）mRNA m6A修饰在细胞分（fèn）化、生物（wù）个体发育及癌症疾病发生等一系列生命过程中具有重要（yào）作用，成为近（jìn）年来表观转录组（zǔ）学的研究热点之一。
Zc3h13调（diào）节（jiē）mESCs中的（de）mRNA m6A
哺乳动物（wù）细胞（bāo）中约25%的mRNA有m6A修（xiū）饰，围绕该修（xiū）饰的甲基转移酶复合物、去甲基转移酶和识别（bié）蛋（dàn）白的研究较多，但是参与（yǔ）该（gāi）修饰的调控蛋白以及该修饰的位（wèi）点（diǎn）特异（yì）性调控机制依然不完（wán）全（quán）清楚。在该论文中，研究者报道了Zc3h13是一个调（diào）控RNA m6A修饰的新成员。研究发现（xiàn），在小鼠胚胎干细胞中抑制Zc3h13表达导致mRNA m6A水平显著降（jiàng）低（dī），且这些下降的m6A主要发生在mRNA的（de）3’端非编码区（qū）域。
Zc3h13控制WTAP，Virilizer和Hakai的（de）核（hé）定位
此前，有报道（dào）显示Zc3h13存在于一个进化（huà）上保（bǎo）守的复合物Zc3h13-WTAP-Virilizer-Hakai之中。研究者在探讨Zc3h13对m6A调控的分子机制研究中发现（xiàn）Zc3h13对m6A的调节是（shì）通过控制复（fù）合（hé）物（wù）成员WTAP/Virilizer/Hakai的细（xì）胞定位（wèi）而发生作用的。抑（yì）制Zc3h13表达导致（zhì）复合（hé）物成员WTAP、Virilizer及Hakai蛋（dàn）白发生由细胞（bāo）核向细胞（bāo）质的转移，同时伴随甲基转（zhuǎn）移酶Mettl3和Mettl14蛋白（bái）核内组分（fèn）的减少（shǎo），从（cóng）而抑制（zhì）m6A的形成。
Zc3h13丧失损害mESC自（zì）我（wǒ）更新
有意（yì）思的是，在细胞中敲（qiāo）低WTAP、Virilizer和Hakai，Zc3h13的核内定位并不受影响，这提示（shì）了Zc3h13在该复合物的细胞定位中（zhōng）具（jù）有独特的作用；同时，也为揭（jiē）示m6A 修饰（shì）的特异（yì）调（diào）控机制提供了（le）线索。此外，研究者（zhě）还发现（xiàn）敲低（dī）Zc3h13会损害小（xiǎo）鼠胚胎干细胞的自我更新潜能（néng）并（bìng）促（cù）进细（xì）胞的分化，为m6A途（tú）径调节小（xiǎo）鼠胚胎干细胞的多潜能性（xìng）提供了进一步的（de）证据和线（xiàn）索。
文章模型（xíng）
复旦大学刁建（jiàn）波副（fù）研究员（yuán）、施扬教授、石雨江教授和芝加哥（gē）大学何川教授为论（lùn）文（wén）的共同通讯作者。复旦大学生物医学研（yán）究院博士研（yán）究生温菁、吕瑞（ruì）途和博士后马红辉为论文（wén）的共（gòng）同第一作者。
7Cell Research:5-羟（qiǎng）甲基胞嘧啶在（zài）循环无细胞DNA中的特征是人（rén）类癌症的诊断生物标志物
DNA修饰如（rú）5-甲基胞嘧（mì）啶（5mC）和（hé）5-羟甲基胞嘧（mì）啶（5hmC）是已知影响哺乳动物基因表达的表观遗传学（xué）标记。鉴于它们在人类基因组中的广泛分布特性（xìng），与基因表达（dá）密切相关和（hé）高度的化学稳定性，这些DNA表观遗（yí）传标记可以作为癌症诊断的（de）理（lǐ）想（xiǎng）生物标志物。利（lì）用高度（dù）敏感和选择性的（de）化学标记（jì）技（jì）术，何川等人（rén）在这里收集了（le）最近诊（zhěn）断患有结直肠癌，胃癌，胰腺癌，肝癌或甲状腺癌（ái）的患（huàn）者和来自90个（gè）健康个体的正常（cháng）组（zǔ）织样品（pǐn），进行对（duì）循（xún）环（huán）无细胞DNA（cfDNA）5hmC分析。
去甲基（jī）化过程
发现（xiàn）5hmC主要分布在转（zhuǎn）录活性区域，与开放的染色质和活性（xìng）组蛋白修饰相一致。在cfDNA中（zhōng）鉴定（dìng）出可靠的癌症相关（guān）的5hmC标签（qiān），这是特定癌症类（lèi）型（xíng）的（de）特征（zhēng）。基于5hmC的（de）循环cfDNA生物标（biāo）志物对结肠直肠癌和胃癌具有高度预测性，优于常规生（shēng）物标（biāo）志物，与来自组（zǔ）织活（huó）检的5hmC生物（wù）标（biāo）志物相当（dāng）。因此，这种新的策略（luè）可以（yǐ）导致从血（xuè）液样本（běn）的分析中发展有（yǒu）效的，微创（chuàng）的癌（ái）症诊断和预后方法。
癌（ái）细胞释放DNA到血液
胞嘧（mì）啶甲基化（形（xíng）成5-甲基胞嘧啶，5mC）是影响基因表达的公认的表观遗传学（xué）修饰【1,2】。 DNA的5mC重构在（zài）哺乳动物（wù）发育和细胞分化以及癌症发生（shēng），进（jìn）展和治疗反应过程中（zhōng）广泛使用【3,4】。哺乳（rǔ）动物基因组中的活性去甲基化是（shì）由（yóu）将5mC修饰氧化为5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）【5,6】，以及进一（yī）步（bù）转化为5-甲酰基胞嘧啶（5fC）和5-羧基胞嘧啶（5caC）的（de）TET家族的双加氧酶完成【7,8,9】。 “中间（jiān）”5hmC不仅标志着活跃的（de）去甲基化，而且还是一（yī）个（gè）相对（duì）稳（wěn）定（dìng）的DNA标（biāo）记（jì），具有不同的表观（guān）遗传角色【2,10-15】。 5hmC在各种（zhǒng）哺乳动物（wù）细胞（bāo）和组织中（zhōng）最近的全（quán）基因（yīn）组测（cè）序图谱支持（chí）其（qí）作为基（jī）因表达的（de）标记（jì）的作（zuò）用【16-21】;它在增强子，gene body和启动子富集，5hmC的变化与基因（yīn）表达水平的变化相关（guān）【22,23】。
高通量测序
来自循（xún）环血（xuè）液中（zhōng）不（bú）同组织（zhī）的无细胞（bāo）DNA（cfDNA）的发现对（duì）临床具有（yǒu）革命性的潜在应用【24】。基于液体活检的（de）生（shēng）物标志物和检测（cè）工具与现有（yǒu）的（de）诊断（duàn）和预后（hòu）方法相（xiàng）比具有显著的优（yōu）势，包括微创。因（yīn）此，他们具有成本效益的潜力，可以促进（jìn）更高的患者依从性和临床便（biàn）利性，从而实现动态监测【25】。
人类癌症的cfDNA中，检测5hmC的生（shēng）物标志物
肿瘤相（xiàng）关的cfDNA体细胞突变已经显示与肿瘤（liú）组织共享，尽管低的突变（biàn）频率和缺乏（fá）来源组织的信息阻碍了检（jiǎn）测的敏感性。 5mC和5hmC来自（zì）液体（tǐ）活组织检查的cfDNA可以作为平行或更有（yǒu）价值的生物标志物，用于人类疾病的非侵入性诊（zhěn）断和预后，因为（wéi）它（tā）们（men）概括了相关细（xì）胞状态中（zhōng）的基因表达变化。如果（guǒ）可以灵敏地检测这些胞嘧啶（dìng）修饰（shì）模式（shì），则可以鉴（jiàn）定疾病特（tè）异性生物标志物，用于早期的肿瘤检测，诊断和预（yù）后。
5hmC在癌细胞的差异化富集（jí）
高通量测序（xù）是检测全基因组胞嘧啶修饰模式（shì）的理想平台。全基因（yīn）组（zǔ）亚硫酸氢盐测序或替（tì）代方法已应用于生物标志物研究【26-28】。组（zǔ）织和癌症特异性甲基化位点在跟踪来自循环血的（de）来源组织中（zhōng），表现出有希望的潜力（lì）。然（rán）而（ér），5mC主要作为人类基因（yīn）组（zǔ）中高（gāo）背景水平的抑制性标（biāo）记（jì），并且其用亚硫酸氢盐处（chù）理的测（cè）序一直受到广泛（fàn）的DNA降解（jiě）。利用羟甲（jiǎ）基的存在，选择性（xìng）化学标记可应用于使用低水平的DNA以（yǐ）高灵敏度检测5hmC。在（zài）这里，何川等（děng）研究组建（jiàn）立了5hmC临床诊断技（jì）术（shù），用于cfDNA 5hmC分析。显示显示cfDNA的5hmC差异富（fù）集，是实体瘤的优秀标记。
胰腺癌（ái）5hmC分布状况
癌症（zhèng）cfDNA的动态在（zài）很大程度上还不（bú）清楚。在（zài）简化的模型情（qíng）况下（xià），肿（zhǒng）瘤组织的gDNA被（bèi）释放到血浆中（zhōng）并且经历（lì）降解，达到（dào）与（yǔ）来自正常健康组织的背景cfDNA类似的（de）平衡（héng）。基（jī）因座特异性5hmC修饰似乎是5hmC水平的主要决定因素，具（jù）有组织特异性，然后癌症状态增（zēng）加（jiā）额外的变化层。这（zhè）些组（zǔ）织，以及在较（jiào）小的程度上肿瘤组织释放的DNA中的癌症特异性信号，略微改变背景血浆cfDNA的5hmC修饰谱。从肿瘤组织中释放的cfDNA越（yuè）多，转移越大，给区分肿瘤来源的生物学和临床变化提供了更大（dà）的（de）能力。因此，整（zhěng）合来自不同组织类型的gDNA的5hmC概况，以实现（xiàn）对癌症生（shēng）物标志物的（de）疾病特（tè）异性的未来评估，将是至关重要的。
胃癌中5hmC分（fèn）布状况
此外，实体瘤由癌干（gàn）细胞和（hé）癌细胞组成，在由白细胞，间充质细胞和细胞外基质构成的微环（huán）境中。肿瘤进展启动了（le）以缺（quē）氧和（hé）血管形成为特征的局（jú）部（bù）环境的变（biàn）化梯度（dù）。在生（shēng）长的肿瘤及其周围的（de）细胞内（nèi），可能存在广泛的（de）变异性，使得某（mǒu）些类型的细胞倾向于凋亡并（bìng）将DNA释放到循环中。
血浆cfDNA中观察（chá）到癌症（zhèng）相关（guān）5hmC变化的起源
何川等研（yán）究组预计在血浆cfDNA中观察（chá）到的5hmC的癌（ái）症相关变化是（shì）由肿瘤组织内或周围的（de）不同组细（xì）胞贡献的。肿瘤（liú）相关组织的单（dān）细胞或细胞类（lèi）型（xíng）特异（yì）性5hmC分析和使（shǐ）用适当的细胞类型标记物，将揭示这（zhè）些修饰的细胞特异性的程度（dù）和分布（bù），并进一步阐明有助于在血浆cfDNA中（zhōng）观（guān）察到癌症相关的5hmC变化。这是（shì）这个学（xué）科所要（yào）达到的意图，同时也是未来的发展方向（xiàng）。
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